Przede wszystkim jest znakomitym „killerem” bakterii, grzybów oraz wirusów – nawet tych, które cechuje wysoka odpornością na leki. Te toksyczne dla naszego organizmu mikroorganizmy są wobec ozonu całkowicie bezbronne: gaz bez trudu przenika przez ich błonę komórkową, uszkadza wewnętrzną strukturę i w błyskawicznym czasie doprowadza do śmierci. Jest w swoim działaniu około 3000 razy szybszy od chloru, dlatego drobnoustroje nie są w stanie przekazać informacji następnym pokoleniom ani wykształcić żadnych mechanizmów obronnych (dzięki czemu nie dochodzi do zjawiska „ozonoodporności” bakterii).
Oprócz znakomitych właściwości bakteriobójczych i dezynfekujących ozon posiada jeszcze inne zalety:

• poprawia utlenowanie i odżywienie komórek, co wpływa pozytywnie na metabolizm tkanek,
• pobudza naturalne zdolności obronne organizmu. Ozonoterapia znajduje zastosowanie w coraz większej liczbie zabiegów medycznych jako metoda wspomagająca lub zastępująca tradycyjne formy leczenia. Także w stomatologii zabiegi z użyciem ozonu coraz częściej są przeprowadzane przez lekarzy dentystów specjalizujących się w chirurgii, periodontologii, endodoncji czy protetyce.
• w periodontologii zastosowanie ozonu umożliwia szybsze i skuteczniejsze leczenie takich stanów chorobowych, jak: zapalenie dziąseł, zapalenie przyzębia oraz kieszonek dziąsłowych. Efektywność ozonu przypisano jego zdolnościom przenikania w trudno dostępne miejsca i likwidacji bakterii niedostępnych dla antybakteryjnych płynów i żeli,
• w protetyce aplikacja ozonu na oszlifowane zęby eliminuje występującą na nich florę bakteryjną. Dzięki temu zmniejsza się ryzyko wystąpienia próchnicy pod zakładanymi uzupełnieniami protetycznymi, koronami, mostami lub licówkami
• w chirurgii stomatologicznej i implantologii – działanie ozonu na ranę powstałą po zabiegach chirurgicznych zapobiega występowaniu powikłań, przyspiesza gojenie, umożliwia zahamowanie przedłużonego krwawienia, zmniejsza obrzęki. Ponadto ozon znajduje zastosowanie w leczeniu zapalenia kości i suchego zębodołu, dezynfekcji replantowanych zębów, a także wspomaga leczenie ropni, przetok i ziarniaków.
  w leczeniu kanałowym – gaz ten ułatwia leczenie trudnych przypadków endodontycznych i umożliwia skuteczną dezynfekcję miejsc, do które trudno dotrzeć konwencjonalnymi metodami, takimi jak kanaliki zębinowe, delta korzeniowa czy kanały boczne.

Jednak najczęściej ozon jest wykorzystywany przez stomatologów do leczenia wczesnej próchnicy (czyli próchnicy obejmującej swoim zasięgiem szkliwo lub powierzchowne warstwy zębiny). Badania wykazały, że już 10-20-sekundowa aplikacja ozonu na chorobowo zmienione miejsce redukuje 99% flory bakteryjnej. Terapia ozonem może być stosowana do leczenia zębów stałych i mlecznych. Zabieg jest krótki, nieinwazyjny i całkowicie bezbolesny